Abstract Massive parallel sequencing (High-Throughput Sequencing [HTS]) allows to read millions or billions of DNA sequences or fragments (reads) in parallel and is revolutionizing microbiology research, moving from laboratory methods to computed-assisted analyses, with the compelling use of Bioinformatics. The time and cost reduction in studies on the microbiota, microbiome and metagenome, allows to rapidly progress in diagnosis, taxonomy, epidemiology, comparative genomics, virulence, discovery of genes or variants of interest and the association of microorganisms with traditionally considered non-microbial diseases. In this review, the terminology, the sequencing technologies and their applications are described for microbial analysis using open-source bioinformatics software, analysis pipelines, databases and web platforms that allow a user-friendly bioinformatics approach affordable by the clinical microbiologist and infectious disease practitioners.

Resumen La aparición de secuenciadores masivos que permiten leer en paralelo de millones a miles de millones de secuencias o fragmentos del ADN (reads) ha revolucionado la microbiología, la cual ha pasado de un ámbito exclusivamente laboratorial a uno computacional, con la aplicación ineludible de la bioinformática. La posibilidad de efectuar estudios de la microbiota, el microbioma y el metagenoma de una muestra clínica de manera rápida y a un coste reducido permite avanzar más rápidamente en el diagnóstico de enfermedades, en el conocimiento de la taxonomía y la epidemiología de los agentes involucrados, así como de su virulencia. También posibilita la realización de estudios de genómica comparada y el descubrimiento de genes o variantes de interés, lo que puede llevar a que enfermedades tradicionalmente consideradas como de carácter no microbiano sean asociadas a la presencia de microrganismos. En esta revisión se aclara la terminología usada en este campo, y se describen las principales tecnologías de secuenciación y su utilidad en el análisis microbiano. Asimismo, se señalan diversos programas de código libre, pipelines de análisis, bases de datos y plataformas web que permiten que la bioinformática se integre exitosamente al ámbito de la microbiología clínica y al estudio de las enfermedades infecciosas.

Anorexia nervosa (AN) is the most prevalent of eating disorders in children and adolescents, and its treatment is long and complex, involving a multidisciplinary team. Nutritional rehabilitation and restoration of a healthy body weight is one of the central goals in the initial stages of inpatient treatment. However, current recommendations on initial energy requirements for these patients are inconsistent, with a clear lack of controlled studies, available scientific evidence and global consensus on the most effective and safe refeeding practices in hospitalized adolescents with anorexia nervosa (AN). Conservative refeeding recommendations have been classically established in order to prevent the refeeding syndrome. Nevertheless, various works have recently appeared advocating a higher initial caloric intake, without observing more complications or refeeding syndrome, and allowing a shorter average stay. We present our experience in the treatment of restricting AN with a conservative progressive treatment. We have obtained good results with this approach, which was well tolerated by patients, with no observing complications. As a consequence, the medical team could establish a pact about the therapeutic goals with the patients in an easier way.

La anorexia nerviosa (AN) es el trastorno del comportamiento alimentario más prevalente en niños y adolescentes; su tratamiento es largo y complejo, e involucra a múltiples profesionales. La rehabilitación nutricional y la recuperación de un peso corporal normal es uno de los objetivos centrales en las fases iniciales del tratamiento del paciente ingresado. Sin embargo, las recomendaciones actuales sobre los requerimientos energéticos iniciales para estos pacientes son inconsistentes, con una clara ausencia de estudios controlados, evidencia científica disponible y consenso global sobre la forma de realimentación más efectiva y segura en adolescentes ingresados con anorexia nerviosa (AN). Clásicamente se han recomendado una realimentación conservadora para prevenir el síndrome de realimentación. No obstante, han aparecido recientemente varios trabajos recomendado una ingesta calórica inicial más elevada, sin observar más complicaciones ni síndrome de realimentación, y asociadas a estancias medias más cortas. Presentamos aquí nuestra experiencia en el tratamiento de la AN restrictiva con un tratamiento progresivo conservador. Hemos obtenido buenos resultados con este abordaje, bien tolerando por los pacientes, y sin observar complicaciones. Gracias a él, el equipo médico pudo establecer más fácilmente un acuerdo sobre los objetivos terapéuticos con el paciente.

Introduction: breast milk, besides being a source of feeding for children, it can be a vehicle for transmission of some infectious diseases. Aim: to revise the main viral agents which can be acquired for children through breast milk and its possible clinical implication. Material: literature search was made in different databases and books. Results: date on the human immunodeficiency virus type 1 and 2, human T-lymphotropic virus, cytomegalovirus, hepatitis A, B and C virus, herpes simplex virus types 1 and 2, varicella zoster virus and other viruses are exposed in detail. Conclusions: the human immunodeficiency virus type 1 and 2, human T-lymphotropic virus and cytomegalovirus in preterm newborns or low birth weight are the most frequent viruses that cause infection or illness in children as a result of its transmission through breast milk. For other viruses, such as varicella zoster, hepatitis A or hepatitis B, the immunoprophylaxis of the newborn, through the administration of immunoglobulin and vaccine, protect children against their transmission.

Introducción: la leche materna, además de ser una fuente de alimentación para los niños, puede ser un vehículo de transmisión de diversas enfermedades infecciosas. Objetivo: revisar los agentes virales que pueden ser adquiridos por el niño a través de la leche materna y su posible implicación clínica. Material: se han hecho búsquedas bibliográficas en diferentes bases de datos y libros. Resultados: se exponen datos relativos al virus de la inmunodeficiencia humana tipo 1 y tipo 2, virus linfotrópico humano de células T, citomegalovirus, virus de la hepatitis A, B y C, virus del herpes simple tipos 1 Y 2, virus de la varicela zóster y otros. Conclusiones: el virus de la inmunodeficiencia humana, HTLV-1 y citomegalovirus en recién nacidos pretérmino o de bajo peso son los virus que más frecuentemente causan infección o enfermedad en el niño como consecuencia de su transmisión a través de la leche materna. Para otros virus, como el de la varicela-zóster, la hepatitis A o la hepatitis B, la inmunoprofilaxis del recién nacido, mediante la administración de inmunoglobulina y la vacuna correspondiente, protegen al lactante del riesgo de transmisión.

Background: Malnutrition in surgical patients is associated with delayed recovery, higher rates of morbidity and mortality, prolonged hospital stay, increased healthcare costs and a higher early re-admission rate. Methods: Data synthesis after review of pertinent literature. Results: The aetiology of malnutrition is multifactorial. In cancer patients, there is an abnormal peripheral glucose disposal, gluconeogenesis, and whole-body glucose turnover. Malnourished cancer patients undergoing major operations are at significant risk from perioperative complications such as infectious complications. Surgical aggression generates an inflammatory response which worsens intermediary metabolism. Conclusions: Nutritional evaluation and nutritional support must be performed in all surgical patients, in order to minimize infectious complications. Enteral nutrition early in the postoperative period is effective and well tolerated reducing infectious complications, improving wound healing and reducing length of hospital stay. Pharmaconutrition is indicated in those patients, who benefit from enteral administration of arginine, omega 3 and RNA, as well as parenteral glutamine supplementation. When proximal sutures are used, tubes allowing early jejunal feeding should be used.

Introducción: La nialnutrición en pacientes quirúrgicos está relacionada con un retraso en la recuperación, tasas más elevadas de morbilidad y mortalidad, estancia hospitalaria prolongada, mayores costes de atención sanitaria y una tasa más elevada de rehospitalización temprana. Métodos: Síntesis de datos tras la revisión de la bibliografía pertinente. Resultados: La etiología de la malnutrición es multifactorial. En pacientes con cáncer, existe una alteración en la utilización de la glucosa periférica, en la gluconeogénesis, y en la producción de glucosa en todo el cuerpo. Los pacientes con cáncer que se someten a operaciones mayores tienen un riesgo significativo de complicaciones perioperativas, como es el caso de las complicaciones de tipo infeccioso. La agresión quirúrgica genera una respuesta inflamatoria que empeora el metabolismo intermediario. Conclusiones: Es necesario realizar una evaluación nutricional y llevar a cabo un soporte nutricional en todos los pacientes quirúrgicos con el fin de minimizar las posibles complicaciones infecciosas. La nutrición enteral justo al inicio del periodo postoperatorio es bien tolerada y resulta eficaz a la hora de reducir complicaciones infecciosas, mejorando el proceso de curación de la herida y la duración de la estancia hospitalaria. La nutrición farmacológica está indicada en pacientes que reciben administración enteral de arginina, omega 3 y ARN, además de suplementación por vía parenteral. Cuando se utilizan suturas proximales, se deben emplear sondas que permitan una alimentación yeyunal temprana.

Background: In April 2009, the World Health Organization declared the emergence of human cases by a new influenza virus H1N1 as a Public Health Emergency of International Importance. Our objective was to analyze the characteristics of the cases investigated and to assess the compliance of the subjects studied with the indications and recommendations of the Health Regional Ministry of Health Castilla y León. Methods: A descriptive epidemiological study of all positive cases and every requests made to Castilla y León, from epidemiological weeks 44 to 50, both included. Results: 588 requests were made to test for influenza A H1N1 (58% males). The mean age was 34.8 years (27.1% between 15 and 44 years). 42% fulfilled criteria for severity. Chronic respiratory disease was the most common risk factor found (18.9%). Antiviral treatment was found in 19.1% (54.5% within the first 48 hours). 27.4% of the requests were positive (53.4% males). The mean age of the positive cases was 34.52 years was positive (33.1% between 15 and 44 years). 47.8% of them fulfilled criteria for severity and chronic respiratory disease was also the most common risk factor found also in the positive (26.7%). Only 6.8% were morbidly obese. 28.9% of positives received antiviral treatment (61.4% within the first 48 hours). Conclusion: Most cases did not fulfil severity criteria, which illustrates the low compliance of monitoring protocols in sanitary care system.

Fundamento: En abril del año 2009 la Organización Mundial de la Salud declaró una Emergencia de Salud Pública de Importancia Internacional por la aparición de casos en humanos por un nuevo virus de la gripe A H1N1. El objetivo de este trabajo es analizar las características de los casos investigados y valorar la conformidad de los sujetos estudiados con las indicaciones y recomendaciones de la Consejería de Sanidad de Castilla y León. Métodos: Estudio epidemiológico descriptivo del total de las peticiones de laboratorio solicitadas en Castilla y León, entre las semanas epidemiológicas 44 y 50, ambas inclusive y de los casos que resultaron positivos. Resultados: Se solicitaron 588 peticiones analíticas para gripe A H1N1 (58% hombres). La edad media fue de 34,8 años (27,1% entre 15 y 44 años) y la enfermedad respiratoria crónica el factor de riesgo más frecuente (18,9%). En el 19,1% se instauró tratamiento antiviral (54,5% en las primeras 48 horas). El 42% de las peticiones cumplían criterios de gravedad y el 27,4% de las peticiones fueron positivas (53,4% varones). La edad media en las peticiones positivas fue 34,52 años (33,1% entre 15 y 44 años). En el 26,7% el factor de riesgo más frecuente fue la enfermedad respiratoria crónica, el 6,8% tenía obesidad mórbida. El 28,9% de los sujetos que dieron positivo recibió tratamiento antiviral (61,4% en las primeras 48 horas) y el 47,8% cumplían criterios de gravedad. Conclusión: La mayoría de los casos estudiados no cumplían criterios de gravedad, lo que pone de manifiesto el bajo cumplimiento de los protocolos de vigilancia en el ámbito asistencial.

Background: In April 2009, the World Health Organization declared the emergence of human cases by a new influenza virus H1N1 as a Public Health Emergency of International Importance. Our objective was to analyze the characteristics of the cases investigated and to assess the compliance of the subjects studied with the indications and recommendations of the Health Regional Ministry of Health Castilla y León. Methods: A descriptive epidemiological study of all positive cases and every requests made to Castilla y León, from epidemiological weeks 44 to 50, both included. Results: 588 requests were made to test for influenza A H1N1 (58% males). The mean age was 34.8 years (27.1% between 15 and 44 years). 42% fulfilled criteria for severity. Chronic respiratory disease was the most common risk factor found (18.9%). Antiviral treatment was found in 19.1% (54.5% within the first 48 hours). 27.4% of the requests were positive (53.4% males). The mean age of the positive cases was 34.52 years was positive (33.1% between 15 and 44 years). 47.8% of them fulfilled criteria for severity and chronic respiratory disease was also the most common risk factor found also in the positive (26.7%). Only 6.8% were morbidly obese. 28.9% of positives received antiviral treatment (61.4% within the first 48 hours). Conclusion: Most cases did not fulfil severity criteria, which illustrates the low compliance of monitoring protocols in sanitary care system.

Fundamento: En abril del año 2009 la Organización Mundial de la Salud declaró una Emergencia de Salud Pública de Importancia Internacional por la aparición de casos en humanos por un nuevo virus de la gripe A H1N1. El objetivo de este trabajo es analizar las características de los casos investigados y valorar la conformidad de los sujetos estudiados con las indicaciones y recomendaciones de la Consejería de Sanidad de Castilla y León. Métodos: Estudio epidemiológico descriptivo del total de las peticiones de laboratorio solicitadas en Castilla y León, entre las semanas epidemiológicas 44 y 50, ambas inclusive y de los casos que resultaron positivos. Resultados: Se solicitaron 588 peticiones analíticas para gripe A H1N1 (58% hombres). La edad media fue de 34,8 años (27,1% entre 15 y 44 años) y la enfermedad respiratoria crónica el factor de riesgo más frecuente (18,9%). En el 19,1% se instauró tratamiento antiviral (54,5% en las primeras 48 horas). El 42% de las peticiones cumplían criterios de gravedad y el 27,4% de las peticiones fueron positivas (53,4% varones). La edad media en las peticiones positivas fue 34,52 años (33,1% entre 15 y 44 años). En el 26,7% el factor de riesgo más frecuente fue la enfermedad respiratoria crónica, el 6,8% tenía obesidad mórbida. El 28,9% de los sujetos que dieron positivo recibió tratamiento antiviral (61,4% en las primeras 48 horas) y el 47,8% cumplían criterios de gravedad. Conclusión: La mayoría de los casos estudiados no cumplían criterios de gravedad, lo que pone de manifiesto el bajo cumplimiento de los protocolos de vigilancia en el ámbito asistencial.